Σαφείς ενδείξεις για την ύπαρξη διεσπαρμένων κοινοτήτων στις Αρχάνες χρονολογούνται στο τέλος της ύστερης νεολιθικής και στη τελική νεολιθική περίοδο (5000-3500 π.Χ.).

Ο προανακτορικός μινωικός οικισμός (3500-2000 π.Χ.), άφησε λίγα ίχνη σε τέσσερις διαφορετικές θέσεις μέσα στις σημερινές Αρχάνες: στη θέση Βορνά κοντά στο ανακτορικό κτίριο, στο κέντρο του σημερινού οικισμού, στην Τουρκογειτονιά (το ανακτορικό κτίριο) και
στον Τρούλο.

Τα ταφικά κτίρια του οργανωμένου νεκροταφείου στο Φουρνί αποδεικνύουν, με το πλήθος των κτερισμάτων τους τον πλούτο των κατοίκων της περιοχής και τις έντονες εξωτερικές σχέσεις με τις Κυκλάδες, την Αίγυπτο και την Ανατολή.
Στις αρχές της 2ης χιλιετίας π.Χ, η εξουσία σε όλη την Κρήτη συγκεντρώθηκε στα χέρια των βασιλέων. Χτίστηκαν τα πρώτα ανάκτορα και συνεννώθηκαν οι προανακτορικές οικιστικές νησίδες σε ενιαίο οικιστικό σύνολο.

Τα σημαντικότερα κτίσματα της περιόδου είναι τα ιερά.
Κατά τη διάρκεια της, ιδρύθηκε το υπαίθριο ιερό «κορυφής» στην Ψηλή Κορφή του Γιούχτα, ενώ προς το τέλος της ο ανεξάρτητος ναός στα Ανεμόσπηλια. Όμως η μεγάλη ακμή των Αρχανών υποδηλώνεται κυρίως στα νεκροταφεία, ιδιαίτερα στο Φουρνί και στα Β). του
οικισμού στη θέση Κατσοπρινιά.